Kreta har hatt beboere siden steinalderen. For 8000 år siden bodde det et stillferdig folk på øya. De hadde tilhold i grotter høyt oppe i fjellene. Her dyrket de en kvinnelig naturguddom.

Men så begynte det å skje ting på øya. Omlag 2600 år før Kristus oppstod en ny, spesiell sivilisasjon. Minoerne, som de senere er blitt kalt, bosatte seg nede ved kysten. Her levde de i fred og fordragelighet. Kunstnerne fremstilte aldri krigsscener, og minoiske byer og palasser var uten festningsverk. Et jordskjelv omkring år 1700 f. kr. la mesteparten av den minoiske sivilasjonen i ruiner. Men minoerne reiste seg snart igjen og bygget større og bedre palasser. Det største og mest kjente av disse palassene er Knossos, som ble bygget omlag 3000 år før Kristus. Andre kjente palass er Faistos, Malia og Kato Zakros. Omlag år 1450 f. kr. raste alt sammen igjen. Alle palassene unntatt Knossos ble helt ødelagt. Årsaken til dette er ukjent, men det spekuleres i at angripende fiender stod bak ødeleggelsene. At det skjedde en invasjon vet vi med sikkerhet, fordi det er funnet skriftlige greske kilder iform av leirtavler i ruinene i Knossos og andre steder.

År 67 før kristus ble Kreta invadert av romerne. De regjerte på øya i fire århundrer. Hva som skjedde i denne perioden er ikke særlig kjent, men forholdene på øya var i det minste fredelige i denne perioden.
I nesten ett årtusen tilhørte øye det bysantiske riket, med unntak av en kort arabisk okkupasjon i perioden 827-961. Araberne ødela mye, blant annet de romerske basilikaene. Bysantinerne forsøkte flere ganger å gjenerobre øya. Det greide de i 961, etter en forferdelig massakre i byen Khandakas (det som i dag er hovedstaden Heraklion).

Etter angrepet på Konstantinopel i 1204 ble Kreta først erobret av genoveserne og deretter av venetianerne (fra 1212). Venetianerne iverksatte en økologisk katastrofe. De hentet så mye tømmer på øya at de nesten klarte å utrydde de berømte skogene av sypress. Okkupasjonen varte fram til 1669, og for øyas innbyggere ble dette en mørk periode. Venetianerne prøvde å gjøre dem til slaver, og undertrykkelsen førte til mange opprør. Øya ble befestet med svære festningsanlegg rundt de største byene. Flesteparten av disse anleggene har overlevd tidens tann, og er i dag forbausende godt bevart. Dette gjelder blant annet Fortezza i byen Rethymnon.

På 1600-tallet ble Kreta befridd fra venetianernes vanstyre. Men det skulle gå fra verre til verst. Osmanerne tok det ene festningsanlegget etter det andre, og det skulle bli begynnelsen på en 250 år lang periode under tyrkisk styre som fremdeles minnes med gru. Tyrkernes vilkårlige styresett ble besvart med stadige opprør. Da Hellas begynte sin frigjøringskamp i 1820, reiste Kreta seg på nytt, men ble sviktet av stormaktene.

Et av de svarteste kapitlene i Kretas historie skriver seg fra 1866. Da flyktet folk fra Rethymnon og omegn for de fryktede tyrkiske janitsjarene. 325 menn og 639 kvinner og barn søkte tilflukt i Arkadiklosteret (bildet) den 7. november dette året, omringet av 5000 tyrkiske soldater. Til tross for den håpløse situasjonen kjempet kreterne hele den etterfølgende dagen. Mange ble drept på begge sider. I løpet av natten innså kreterne at slaget var tapt, og bestemte seg for å dø en ærefull martyrdød ved å sprenge kruttmagasinet i luften. Da tyrkerne den 9. november kjempet seg inn gjennom vestporten i klosteret, hadde de overlevende samlet seg i magasinet, og abbeden ga ordre om å at kruttet skulle tennes. Eksplosjonen drepte de fleste av kreterne, og de tok mange tyrkere med seg i døden.

Etter okkupasjonen av Hellas under den andre verdenskrigen invaderte tyske styrker Kreta. Flere tusen fallskjermsoldater ble sluppet i Khania-distriktet der de erobret Maleme-flyplassen 20.mai 1941. Slaget om Kreta raste voldsomt i ti dager med store tap på begge sider. De allierte troppene trakk seg tilbake gjennom Lefka Ori mot sør, der de ved hjelp av lokalbefolkningen ble evakuert fra øya. Under de fire årene med tysk okkupasjon som fulgte, holdt den uforsonlige lokale motstandsbevegelsen trykket oppe mot angriperne til tyskerne endelig overga seg i 1945.