Omlag 2600 år før Kristus oppstod en ny, spesiell sivilisasjon. Minoerne, som de senere er blitt kalt, bosatte seg nede ved kysten. Navnet på denne sivilisasjonen skriver seg fra sagnkongen Minos, som var skaperen av Kretas lover og sjøvelde.
Minos var sønn av Zevs og Europa. Far til Adriadne og Faidra, hans hustru var Pasifaë. I følge sagnet ble Minos etter sin død en av dommerne i Dødsriket.
De vakre delfin-freskene i Knossos viser minoerne hadde en høyt utviklet sans for kunst
Mange av de virkelige kongene på Kreta hadde også navnet Minos.
Minoerne levde i fred og fordragelighet. Kunstnerne fremstilte aldri krigsscener, og minoiske byer og palasser var uten festningsverk. Et jordskjelv omkring år 1700 f. kr. la mesteparten av den minoiske sivilasjonen i ruiner. Men minoerne reiste seg snart igjen og bygget større og bedre palasser.
Knossos er det mest kjente arkeologiske funnet på Kreta. Plassen inneholder ruinene fra det største og mer luksuriøse Minoiske palasset, bygd i midten av en stor by. Det første palasset ble bygd 2000 f.kr og det ble ødelagt ca 1700 f. kr. Det andre palasset ble bygd med en gang etter det første ble ødelagt, enda mer enestående enn det andre. Dette ble også ødelagt, ca 1500 f. kr, mest sannsynligvis av utbrytelsen av vulkanen på øya Santorini. Utgravningene ble utført på 1900-tallet av engelskmannen Arthur Evans, som også rekonstruerte deler av ruinene.
Etter Knossos rangerer Faistos (Phaistos) som den viktigste byen i minoiske Kreta med det luksuriøse palasset til mytiske Radamanthus, broren til Minos. Palasset ble bygget to ganger. Første gangen rundt 1900 før kristus, under Den Gamle Palassperioden. Dette palasset ble ødelagt av et jordskjelv rundt 1700 før kristus, og et nytt mer luksuriøst palass ble bygd under Den Nye Palassperioden. Det andre palasset skulle heller ikke få stå i fred. Rundt 1450 før kristus ble det ødelagt igjen. Ruinene fra det andre palasset er hva besøkende ser i dag. Til forskjell fra palasset på Knossos har det ikke blitt tilføyd eller rekonstruert noe på Faistos. Ruinene ble latt i fred slik de ble funnet.
Foruten Knossos og Faistos, er Malia og Kato Zakros kjente minoiske palass. Omlag år 1450 før kristus ble alle palassene unntatt Knossos helt ødelagt. Årsaken til dette er ukjent, men det spekuleres i at angripende fiender stod bak ødeleggelsene. At det skjedde en invasjon vet vi med sikkerhet, fordi det er funnet skriftlige greske kilder iform av leirtavler i ruinene i Knossos og andre steder.