Arkadi-klosteret var åsted for et av de svarteste kapitlene i Kretas historie. I 1866 flyktet folk fra Rethymnon og omegn for de fryktede tyrkiske janitsjarene. 325 menn og 639 kvinner og barn søkte tilflukt i Arkadiklosteret den 7. november dette året, omringet av 5000 tyrkiske soldater. Resultatet ble et blodbad uten like.

Til tross for den håpløse situasjonen kjempet kreterne hele den etterfølgende dagen. Mange ble drept på begge sider. I løpet av natten innså kreterne at slaget var tapt, og bestemte seg for å dø en ærefull martyrdød ved å sprenge kruttmagasinet i luften. Da tyrkerne den 9. november kjempet seg inn gjennom vestporten i klosteret, hadde de overlevende samlet seg i våpenmagasinet, og abbeden ga ordre om å at kruttet skulle tennes. Eksplosjonen drepte de fleste av kreterne, og de tok mange tyrkere med seg i døden.

Mye av det gamle kruttkammeret står fremdeles, men taket ble selvsagt blåst av i eksplosjonen. Siden den gang er klosterporten blitt restaurert. Kirken ble bygget i 1587. Den har fremdeles sår etter eksplosjonen i forrige århundre. Likevel er fasaden noe av det vakreste man kan finne innen kretisk arkitektur.